易缺硼的土壤：一般干旱地區含硼量較高，濕潤地區含硼量較低，因此，我國南方紅壤含硼量常處于較低水平，而北方地區分布最廣的黃土和黃土性物質以及長江中下游地區的下蜀黃土含硼量中等。易缺鉬的土壤：石灰巖和黃土母質發育而成的灰性土壤，黃河沖擊物淤積而成的黃泛平原及花崗巖發育而成的酸性土壤。易缺錳的土壤：石灰性土壤，尤其是質地輕、有機質少、通透性良好的石灰性土壤，如石灰巖和黃土母質發育的普通褐土，以及黃河沖積物發育的潮土。易缺鋅的土壤：石灰性土壤，低濕澇洼 、土質過粘的土壤，有機質較多的泥炭土或腐泥土，土壤含有效磷過高或大量施用磷肥的土壤。易缺銅的土壤：含有機質豐富的泥炭土、沼澤土、沙質土以及新開墾的土壤，酸性土壤，紅壤山區的冷浸田。易缺鐵的土壤：主要分布在我國北方，包括各種石灰性土壤以及鹽堿土。

由于高產品種的應用而產生微量元素缺乏

隨著科學技術的發展，各種高產新品種不斷問世，這些高產作物，從土壤中吸收微量元素成比例增加，如土壤中的中微量元素無法滿足高產作物對中微量元素的需要，高產作物品種施用再多的常量元素肥料，也無法達到高產目的。

由于耕作制度的改革而出現的缺乏

為了使有限的土地生產更多的糧食，我國多數地區實行了耕作制度的改革。如大面積發展雙季稻，則出現水稻“白葉倒苗”、“矮縮苗”等缺鋅癥，試用鋅肥增產效果明顯。我國北方一般不缺鋅，但近20年由于發展水稻，缺鋅問題也比較普遍。

復種指數的增加，有效地提高了農產品的產量，但由于同一種植物所需的敏感元素的大量消耗，造成某一地區的某些中微量元素奇缺。如硼為油菜的敏感元素，但如果連續幾年在同一塊地里都種油菜，會因硼的供應不足而減產，如果及時補充，則可穩產高產。不同的農作物所需的敏感元素不同，科學的安排輪作也是防止中微量元素奇缺的有效手段。

施肥方法不當

平衡施肥是使各種必需元素發揮最佳增產狀態的科學施肥方法，某種營養元素在土壤中有效量過高或施用量過多，即可造成嚴重的流失而導致浪費，如高量磷酸可誘發水稻缺鋅，缺銅。高量硫可減少植物對銅的吸收，高量鉀會加重棉花對硼肥的需要，作物誘發缺素的各種因素。

農作物生長環境條件對微量元素的影響

作物生長離不開它所在的生長環境，而不同的生長條件都直接影響作物對營養元素的吸收和利用，加重或誘發微量元素的缺乏。例如低溫可限制作物根系生長，減少鋅、鐵、錳的吸收；光照強度大，可減少硼和銅的吸收；氣候和土壤干旱可減少錳、銅、硼的吸收。

土壤中微量元素可給性的影響

土壤中許多微量元素并不缺，可是一般均以穩定的化合物形態存在，不能被植物吸收。如土壤中 50% 以上是 SiO2，但我國仍出現大面積缺硅。幾乎所有的土壤都不缺鐵，Fe2O3是土壤的重要組成部分，但這些SiO2和 Fe2O3 中的 Si、Fe 都不能被植物直接吸收，只有能被植物直接吸收的元素，才是可給性的。土壤中微量元素的可給性受許多因素的影響，如酸堿度，氧化還原電位，通透性，有機物和微生物活動都會影響可給性。